单纯性甲状腺肿需要与甲状腺功能亢进症、甲状腺癌、慢性淋巴细胞性甲状腺炎、桥本甲状腺炎进行鉴别。
1、甲状腺功能亢进症：甲状腺质地柔软，弥漫性肿大，触诊可有震颤和血管杂音。多有怕热、多汗、多食、善饥、心慌、手颤等甲状腺功能亢进症状，也可有眼球外突。可通过临床体征等鉴别判断。
2、甲状腺癌：甲状腺包块质硬不规则，和周围组织有粘连，移动度差。可通过影像学检查等鉴别。
3、慢性淋巴细胞性甲状腺炎：甲状腺过氧化物酶抗体、甲状腺球蛋白抗体滴度可显著增高。
4、桥本甲状腺炎：肿大的甲状腺质地较韧、不规则，而单纯性甲状腺肿大时，肿块规则、质地较软。可通过体格检查鉴别判断。