盐酸埃克替尼片的副作用，主要是表现为皮疹和腹泻。有的病人皮疹的现象相对比较严重，主要表现在头面部和前胸后背部位，还有一些病人可以出现稀便，甚至排水样便的情况。
少数病人在服用盐酸埃克替尼片治疗之后，可能会出现肝功能异常，大多数肝功能异常表现为轻度的情况，经过对症治疗之后可以好转。还有一些使用埃克替尼治疗的病人，会出现恶心和口腔溃疡的现象。