胃食管反流是食道溃疡最常见的病因，其他有感染性因素、化学性因素、机械性因素、医源性因素等。
一、主要病因
1、抗反流屏障功能降低：正常时，胃食管交界处的解剖结构有利于抗反流，它包括下食管括约肌(LES)，膈肌、膈食管韧带、食管和胃之间的锐角(His角)等，其中最主要的是LES，它是紧接贲门约3cm的下段食管。吞咽时，LES松弛使食团通过，进入胃内。因此当上述的胃食管交界处的解剖结构发生障碍时，将出现反流。
2、食管酸廓清能力降低：即食管对反流物的清除能力减弱，食管的清除能力依靠食管的推动性蠕动、唾液中和、食丸的重力三者之间互相作用来实现的。对反流物的清除有利于减少反流物与食管黏膜的接触时间。
3、食管组织的抵抗力减低：它的作用是在黏膜上皮与反流的胃酸-胃蛋白酶接触时提供保护作用，食管酸廓清能力降低使胃酸与食管黏膜的接触时间延长，食管组织的抵抗力减低，使胃酸-胃蛋白酶容易引起食管黏膜的损伤。另外，胃十二指肠功能失常引起胃酸-胃蛋白酶的量增加以及十二指肠液、胰液的反流最终引起食管溃疡的发生。
二、诱发因素
1、反流性食管炎：反流性食管炎会反复发作，将胃里的胃酸、胃蛋白酶反流至食管腔内，从而腐蚀食管黏膜，导致食管溃疡。
2、幽门螺杆菌感染：上消道溃疡的重要的致病因素。
3、食管异物：划伤食管黏膜，甚至残存在食管黏膜下组织，导致食管黏膜溃烂而形成溃疡。