乙型脑炎主要可以用的药物，包括核苷类的抗病毒药物，如阿昔洛韦、更昔洛韦、喷昔洛韦，以及非核苷类的抗病毒药物，如膦甲酸钠。乙型脑炎比较重，免疫相关性的损害也比较重，所以也可以在急性期的时候，用糖皮质激素和免疫球蛋白进行治疗，同时辅助营养脑细胞、促醒的药物，经过积极治疗，多数患者可以临床治愈。
乙型脑炎又叫做日本脑炎，是乙脑RNA病毒感染引起的脑部的器质性的炎症，这个病严格上来说没有特效药，对于抗病毒药物、免疫调节药物反应都不是特别的好。但是，在临床中也参照其他的病毒性性脑炎，进行抗病毒及免疫调理治疗。