做肠镜的检查费用与所做肠道部位有关，如果只做直肠镜，费用比较低，一般300块钱左右即可。如果做的是乙状结肠镜，费用相对偏高，大约需要600~800元左右，如果是做小肠镜，费用是最昂贵的，因为要看整个肠道，价格可能需要1800元左右。另外，医院级别不同，所做的检查费用物价局核定的标准也不一样。一般三甲医院收费标准是最高的，和二甲医院相差大约10%左右。