肾囊肿来源于肾小管憩室，由于肾小管憩室不断的扩大，就会形成肾囊肿，之后肾囊肿出现如下情形时则伴钙化：
第一、肾囊肿自身分泌钙盐而致。
第二、含有草酸钙或尿酸钙等含钙物质的尿液，停留于肾囊肿内，钙化于囊壁。
第三、尿酸化功能的下降，使钙盐容易沉积于囊内，再由囊壁吸收所致。
第四、肾囊肿内慢性炎症，逐渐演变而形成钙化物质，分布于囊壁。
第五、肾囊肿液日久被囊壁吸收而致钙化。