胆管癌的病因仍不明，可能与肝胆管结石有关。另外，原发性硬化性胆管炎、先天性胆管扩张症、溃疡性结肠炎等肝胆疾病都可能与本病有关，吸烟、饮酒为其主要诱因。
一、主要病因
1、胆管结石：约1/3的胆管癌患者合并胆管结石，反之，胆管结石的患者5%~10%会发生胆管癌。
2、华支睾吸虫：可导致胆汁淤滞、胆管感染、胆管周围纤维化和胆管上皮增生，成为诱发胆管癌的原因之一。
3、先天性胆管囊状扩张症：先天性胆管囊状扩张症癌变率在6%~38.5%，是正常人群的5~35倍，且随患儿年龄增长而增加。癌变的原因包括结石、化学刺激、囊肿壁受慢性炎症长期刺激及解剖异常等。
4、原发性硬化性胆管炎：因原发性硬化性胆管炎死亡或行肝移植术的病例，分别有40%和9%~36%被证实存在胆管癌。
5、致癌物质：石棉等化学药品、亚硝酸胺、放射性核素、异烟腓等药物，均可能是导致胆管癌的病因。
6、其他：结直肠癌根治术后、溃疡性结肠炎，伤寒携带者等均与胆管癌的发生有关。
二、诱发因素
胆管癌的诱发因素可能为吸烟、酗酒、糖尿病、HIV感染。