儿童精神分裂症的病因尚不明确，相关因素包括遗传因素、免疫功能紊乱、心里环境学说以及中枢神经系统损伤。儿童精神分裂症非传染病，无传播途径。好发于父母中至少有一方患有精神分裂症的儿童、先天脑损伤的儿童，重大精神刺激可诱发本病。
1、遗传因素：精神分裂症是一个精神心理残疾的疾病，具有明确的家族聚集性，提示其遗传因素占重要地位。国外学者关于精神分裂症遗传倾向的研究结果显示，双亲均患精神分裂症者的子女患病相对危险度为60%。
2、免疫功能紊乱：近十几年来，在精神分裂症病因的研究中，一发现神经系统与免疫系统之间相互作用和调节关系与精神分裂症发病相关。
3、心理环境学说：环境对心理的影响日益受到重视。儿童受到强烈精神创伤，如父母离异、亲人死亡、升学未成等生活事件诱发精神分裂症者较为常见，而且心理社会因素对于病程的延续及预后也有重要影响。
4、中枢神经系统损伤：15%的精神分裂症患儿出现神经系统轻微体征。精神分裂症患者的脑结构异常，可能是发育受阻或神经系统的退行性变所致。组织学研究提示，脑结构的损伤可能发生于妊娠中期的3个月内。发病后随着疾病的进展则颞叶出现萎缩、细胞凋亡，使神经元缺失、神经细胞数量减少、细胞体积缩小和细胞压积增大等。随着病程的慢性化，这些变化呈进行性加重，导致患者的认知损害和社会职业功能衰退等。
5、病前性格特征：根据调查研究发现，大部分发生精神分类的患儿性格内向，比较胆小、孤僻、敏感，通顺积极性也较差，但病前性格特征并非该病发生的决定性因素，在性格的基础上受到环境的不良影响，有可能引发儿童精神分裂症。