1、真菌培养：深部念珠菌感染的重要依据，血液、脑脊液、胸腔积液等培养结果常作为深部感染的诊断依据。
2、直接镜检：标本中可见大量菌丝和成群芽孢具有诊断意义；若痰液或阴道中的分泌物中的芽孢可能为正常带菌状态，无诊断意义。
3、组织病理学检查：同时发现菌丝和芽孢时，具有诊断价值，但不能区别真菌的种类，需要进一步培养后再进行鉴别。
4、免疫学检查：酶联免疫吸附试验、乳胶凝集试验、免疫印迹方法等可检测到真菌的相关抗原成分，具有较好的早期诊断价值。
5、分子生物学检查：可以特异检测出标本中的真菌核酸成分，并区别感染真菌的种类。
6、G试验：即1,3-β-D-葡聚糖检测，可用于深部真菌如白色念珠菌的早期诊断。
7、影像学检查：可用于帮助发现念珠菌病导致的某些器官的异常损害。