由于甲状舌管囊囊肿为发育缺陷所致，因此目前尚无特异而有效的预防方法。但定期体检，有益于早期发现疾病，避免疾病进一步加重。
（1）自检体表肿物及早发现，颈部肿块包括炎性肿块、先天性肿块及肿瘤。一旦发现颈部肿块，应及时就医，定期复查B超。
（2）注意保暖，避免受凉，减少感冒及上呼吸道感染的风险。
（3）避免颈部外伤、从事剧烈运动，比如登山、踢球、快跑等运动时要尽量避免颈部外伤。