十二指肠溃疡的治疗，可分为药物治疗和手术治疗。
其中药物治疗主要是使用质子泵抑制剂，例如奥美拉唑、埃索美拉唑、兰索拉唑等，这能够抑制胃分泌胃酸，进而减轻十二指肠溃疡的程度。
同时还需要给予黏膜保护剂，常吃的有胶体果胶铋胶囊、枸橼酸铋钾等，这类药物会覆盖在溃疡的表面，而防止胃酸进一步腐蚀十二指肠溃疡。如果查到患者胃内有明显的幽门螺杆菌感染，这时还需要给予根除该细菌的药物进行治疗，即使用一种抑制胃酸的药物，同时再加两种抗生素，常用的抗生素有克拉霉素、阿莫西林、甲硝唑、替硝唑。
如果通过保守治疗无效者，就需要行手术切除，手术可分为胃大部切除和切断迷走神经的手术，具体需要向治疗的主诊医师进行咨询。