胃窦异位胰腺的主要治疗方法是手术切除。胃窦异位胰腺常常表现为胃黏膜下的隆起性病变，行超声胃镜检查，可以发现病变在胃黏膜下层，在胃黏膜表面多没有明显的改变，有时被误诊为胃间质瘤。当手术切除以后行病理检查才发现为胃窦异位胰腺。如果为胃窦异位胰腺体积比较小，可以考虑内镜下切除。如果肿瘤比较大，则行胃部分切除术，或胃大部切除术，术中应行冰冻病理学检查，确保肿瘤被完整切除。