甲状腺疾病选择就诊科室一般是内分泌科和甲状腺外科。内分泌科诊治的甲状腺疾病是甲状腺功能亢进、甲状腺功能减退、亚急性甲状腺炎、桥本甲状腺炎、产后甲状腺炎、妊娠期甲状腺功能异常、甲状腺结节、甲状腺肿瘤及术后甲状腺功能监测等。甲状腺外科诊治的疾病一般是甲状腺结节、甲状腺肿瘤、需要手治术疗的甲状腺功能亢进、地方性甲状腺肿大等。