有些良性肿瘤的肿瘤标志物会出现升高，例如卵巢的一些囊肿，患者的肿瘤标志物糖类抗原125，或者是糖类抗原199会出现升高。多数恶性肿瘤的肿瘤标志物可出现升高，但是肿瘤标志物的升高，并不局限于肿瘤，有一些良性的疾病也会出现增高，例如慢性乙型病毒性肝炎活动期的患者，甲胎蛋白指标高于正常值。慢性胃肠炎的患者，也会出现糖类抗原724指标的升高。