半相合骨髓移植的风险主要是移植物抗宿主病，即通常所说的排斥反应。骨髓移植是唯一有希望治愈血液系统恶性肿瘤的方法。半相合骨髓移植是指将人类白细胞抗原，即HLA一半匹配而另一半不匹配的健康供者的正常骨髓输注给患者。这种半相合的供受者一般是父母和子女的关系。由于HLA只有一半匹配，因此输入的供者骨髓中免疫细胞就会将患者的各种组织细胞当作外来的物质而进行攻击破坏，导致患者出现一系列严重症状。这些症状合起来在临床上称作移植物抗宿主病，或者老百姓所说的排斥反应。受者的肠道受到攻击破坏会导致严重腹泻；损伤皮肤引起硬皮病、皮疹、脱皮等；损伤肺部会导致肺炎、肺栓塞、肺功能衰竭等；攻击肝脏会导致肝功能严重障碍。