衣原体性结膜炎治疗周期较长，通常使用药物治疗，采用全身治疗与局部治疗相结合的方式，如发展为严重的并发症时，可采用手术治疗，在日常生活中应注意改善卫生习惯。
一、药物治疗
1、局部药物治疗：局部用0.1％利福平眼药水或0.5％新霉素眼药水点眼，4次/日；夜间用红霉素类、四环素类眼药膏，疗程至少10～12周。
2、全身药物治疗：急性期或严重沙眼应全身应用抗生素治疗，一般疗程3～4周。可口服四环素或者多西环素或红霉素，7岁以下儿童和孕妇忌用四环素。
二、手术治疗
当出现眼部并发症如严重内翻倒睫，可以采用手术治疗，手术矫正倒睫及睑内翻，是防止晚期沙眼瘢痕致盲的关键措施，如倒睫行电解倒睫术，睑内翻行睑内翻矫治术，角膜混浊如无干眼症可行角膜移植等。