先天性上睑下垂只有通过手术矫正才能治疗，该病需要根据疾病的严重程度及患儿年龄给予适当的手术方式。
一、药物治疗
本病无药物治疗。
二、手术治疗
先天性上睑下垂患者需依据其疾病程度确定手术时机。重度上睑下垂必须及早手术矫正，以免对视觉发育造成影响；如果程度为轻、中度，双眼程度相似，不遮盖瞳孔，一般不会引起弱视，则可适当延迟手术时间，或等成年后在局麻下手术。由于提上睑肌在出生后随年龄增长还可以获得部分发育，使其症状减轻，因而尽量将手术安排在3~5岁后进行，手术前可以采取一些保守治疗避免弱视发生。另外，如果考虑患儿的心理发育，轻、中度上睑下垂也可适当将手术时间提前。
三、其他治疗
康复训练：适用于不适合手术的患者，如合并眼球上转肌麻痹，患儿闭眼时眼球不能上转(Bell现象不存在)时，术后易发生暴露性角膜炎患者。进行眼球运动矫正训练或眼肌力训练帮助患者恢复。