乙肝病毒不能彻底清除的原因，主要包括以下几点：
1、由于我国乙肝患者属于母婴垂直传播，在患者还在年幼时身体免疫力低下，感染乙肝病毒后产生免疫耐受，所以乙肝病毒很难被清除。
2、乙肝病毒侵入肝细胞核，任何药物都不能进入，目前世界上使用的各种治疗药物，只能被吸收进入血液，或进入到肝细胞及囊肿，而不能透过核膜进入肝细胞核，因此对进入肝细胞核的乙肝病毒没有作用，保证细胞核基因不受干扰和破坏。
3、乙肝病毒在体内进行整合，进入肝细胞内形成了闭合环状的DNA，就是通常所说的CCDNA，是乙肝病毒不断复制的模板。CCDNA也就是乙肝病毒在肝细胞中的存在形式，因为药物将血液中的病毒DNA清除后，CCDNA仍然可以复制出新的病毒，目前没有药物可以消除这种环状的物质。