病原是痢疾杆菌，属于肠杆菌的志贺菌属，分A、B、C、D四群(志贺菌、福氏菌、鲍氏菌、宋内氏菌)，我国以福氏菌、志贺菌多见。志贺菌内毒素从肠壁吸收入血后，引起发热、毒血症及急性微循环障碍。痢疾杆菌存在于病儿的肠道内，随粪便排出体外。粪便可以直接污染水源和食物，也可通过苍蝇、蟑螂的爬叮污染食物和用具，也可通过污染的手将痢疾杆菌带进消化道。在儿童中，手是传播本病的重要因素。
1、食用生水：生水中常含有来自于带菌者粪便中的痢疾杆菌，未经过高温杀菌的生水经儿童饮用后，诱发小儿细菌性痢疾。
2、食用不干净的食物：痢疾杆菌常常随患者或带菌者的粪便排出，粪便污染食物，儿童食用此类污染过的食物后诱发细菌性痢疾。