肾盂肾炎最常见的感染方式是上行感染，尤其女性存在妇科炎症或肠道炎症时，当尿道局部的防御能力下降或细菌毒力增强时，尿道口的细菌可炎症尿道上行，导致膀胱炎或肾盂肾炎。其次可见于血行感染，如全身的炎症引起的菌血症等，细菌经血液循环侵入血流丰富的肾脏，引起肾盂肾炎，肾周围炎等。还可通过淋巴感染、周围器官的感染等途径引起，但相对很少。