丙肝病毒基因分型为1、2、3、4、5、6及某些亚型，现在也有关于7型的报道。我国以1a、2b基因型为主，部分病人存在体内感染两种基因型病毒的情况。完善丙肝病毒基因分型的检测，有利于指导抗病毒药物的选择，提高抗病毒药物的应答性。
目前丙肝的治疗方案由原来的PR方案即干扰素联合利巴韦林时代，进入到小分子抗病毒药物时代，并且向泛基因型的药物进展比如临床上常用的丙通沙。小分子药物为口服药物，使用方便，治疗疗程为3个月，有效率在95%以上。