寻常疣需要与鸡眼、胼胝、尖锐湿疣等疾病鉴别。
1、鸡眼：因长期挤压所致，皮损特点表现为圆锥形角质栓，外围透明黄色环，可单发或多发，压痛明显，通过体格检查即可鉴别。
2、胼胝：因长期压迫摩擦所致，多发生在足跟部位，特点表现为蜡黄色角质斑片，中央略增厚，皮纹清楚，边缘不清楚，无明显压痛，通过体格检查即可鉴别。
3、尖锐湿疣：是性传播疾病的一种，其发病表现的症状一般较明显，也是由人乳头瘤病毒引起，表现为阴部外生殖器、肛周、会阴及阴道等部位的赘生物或小疣体，通过体格检查即可鉴别。