胶囊胃镜是吞入一个像胶囊一样的内镜，在体外磁场的作用下，观察胃部有无病变。胶囊胃镜总体比较安全，但对于有肠梗阻的病人，也就是胃肠道有狭窄的病人，胶囊内镜是不能下降，所以有可能导致卡顿，也就是所谓的胶囊滞留。如果吞胶囊内镜2周内没有排出来，就显示胶囊滞留。对于正常人而言，胶囊滞留的可能性几乎等于零，一旦出现胶囊滞留，说明体内可能有狭窄性的病变，可能需要做小肠镜等进一步检查明确病变，并且可能需要取出胶囊，严重情况下可能需要外科手术取出胶囊。除此以外，胶囊胃镜比较安全。
对于身上有起搏器的患者，不主张用胶囊内镜，因为有起搏器，体外又有磁场的作用，可能会干扰叫体内起搏器的运转。吞咽困难的病人，用胶囊内镜也有一定的风险，因为胶囊内镜相对而言比一般的普通胶囊要大，吞咽困难的人服用胶囊内镜可能咽不下去，甚至出现窒息，这种患者也建议要慎重。