人乳头瘤病毒感染需要与疣状皮肤结核、鸡眼、毛囊上皮瘤及汗管瘤、二期梅毒扁平疣等疾病相鉴别。
1、疣状皮肤结核：需与寻常疣相鉴别，但它为不规则的疣状斑块，周围有红晕，常伴有结核中毒症状。
2、鸡眼：需与跖疣鉴别，其压痛明显且表面平滑。
3、毛囊上皮瘤及汗管瘤：有时需与扁平疣相鉴别。此两者好发于眼附近，组织学改变完全不同。
4、二期梅毒扁平疣：多为单发，边缘清楚、整齐，基底平坦清洁，质硬而不痛的硬性下疳，梅毒血清反应可作为诊断依据。