复方多粘菌素B软膏副作用，为患者出现过敏反应，如瘙痒、烧灼感、红肿等症状，一般症状较为轻微，停药后症状就可以消失，情况严重者需要去医院就诊。
复方多粘菌素B软膏上市后的副作用报告显示，在医生的指导下，合理使用比较安全，患者普遍耐受性良好，副作用较少。对此药过敏者禁用，需要注意此药属于处方药，必须在医生的指导下合理使用，请遵医嘱用药。如正在使用其他药物，为防止药物相互作用影响治疗，请就诊时告知医生。应避免在大面积烧伤面、肉芽组织或表皮脱落的巨大创面使用，患者如有血尿、排尿次数减少、尿量减少或增多等肾毒性症状，或耳鸣、听力减弱等耳毒性症状时应慎用此药。