脾囊肿常是由于非寄生虫性和寄生虫性因素引起，包括棘球绦虫感染、腹部外伤、转移性的肿瘤细胞等。在北方牧区居民、肿瘤患者、自身免疫力低下等患者中较为好发。
1、寄生虫因素：在我国北方牧区常可见由于棘球绦虫的包囊感染引起的寄生虫性脾囊肿，在寄生虫包囊内常可见寄生虫体、虫卵、坏死组织。
2、非寄生虫因素：常是一些继发性的原因导致脾囊肿，如腹部外伤、脾破裂出血、癌细胞转移至脾引发癌等。还有原发性的因素，即先天性遗传性基因缺陷，导致脾脏结构发育不全，导致先天性的脾囊肿。