多囊肾的并发症主要有下列几个方面：
1、泌尿系感染，反复的泌尿系感染是多囊肾最常见的并发症之一，容易出现囊内感染，以及肾囊肿出血后合并的感染。
2、高血压，由于多囊肾占据了肾的实质，使肾的皮质变薄，有功能的肾单位逐渐减少，会导致肾实质性高血压，而血压的增高加重了肾功能的恶化。
3、肾功能不全，先天性多囊肾是导致慢性肾功能衰竭比较常见的原因，发生于多囊肾历经五年或者10年后，在40岁以后发病比较多，往往需要肾脏替代治疗维持生命。
4、多囊肾的并发症当中贫血的发生率也比较高。