丘脑下部损伤的治疗首先妥善处理颅脑损伤，根据症状选择相应治疗。脑部受重击或颅脑广泛外伤伴颅内血肿或药物治疗无效者可选择手术治疗。其他治疗包括亚低温疗法。
一、一般治疗
1、妥善处理颅脑损伤，及时清创、缝合修补脑部伤口，尽早使用脱水剂、降低脑水肿，针对患者的各种临床症状有针对性的治疗。
2、给予严密监测和细心护理，应用抗生素、预防感染、减少瘢痕形成。
二、药物治疗
1、多巴胺、间羟胺：对呼吸、循环功能异常的患者，可使用辅助性的药物多巴胺、间羟胺等维持血压。保证脑组织的正常灌注，避免灌注不足所引起的继发性脑损伤，加重病情。
2、补液：内分泌代谢功能紊乱可引起中枢性尿崩、高渗高血糖综合征引起严重的失水及休克，造成水电解质失衡。严格遵守补液原则，纠正水电解质失衡，维持内环境的稳定。
3、血管加压素：针对尿崩患者，如每小时尿量超过400ml，可临时应用垂体后叶素6u皮下注射。
4、胰岛素：治疗高渗高血糖综合征的首选药物。
5、胃黏膜保护剂及抗酸药：针对消化系统症状，主要是急性胃黏膜病变引起的消化道出血。
三、手术治疗
脑部受重击或颅脑广泛外伤伴颅内血肿是丘脑下部损伤的重要病因之一，对于广泛性颅脑损伤颅内压急剧增高的患者或使用药物治疗无效的患者可以采用外科治疗。主要的手术方式是颅内血肿微创清除术和去骨瓣减压术。
四、其他治疗
对于伴有高热的患者，首先考虑体温调节中枢下丘脑受损致产热、散热失衡。亚低温对于降低患者体温有较为明显的效果，有研究报道采用亚低温联合钙拮抗剂治疗取得了满意的效果。