患有白血病性咽峡炎的患者抵抗力较低，所以，在治疗同时，也要不断增强患者自身的抵抗力，并且可以通过药物治疗的方式对疾病进行治疗，但主要还是以全身的治疗为主，在日常可以使用漱口水或者清水及时清理口腔，保持口腔的清洁。
药物治疗包括抗生素类药物、注射用盐酸阿糖胞苷。
1、抗生素类药物：例如青霉素等，主要作用是控制感染，使用此药时不宜饮酒。
2、注射用盐酸阿糖胞苷：此药用于治疗急性白血病，孕妇、处于哺乳期的妇女不宜使用此药。