乳腺导管内乳头状瘤最有效的治疗方法为手术切除，单发的乳腺导管内乳头状瘤应切除病变的乳管系统，对年龄较大、乳管上皮增生活跃或间变，且有明确乳腺癌家族史的患者，可行预防性单纯乳房切除术。
一、手术治疗
1、临床体检能触及肿块者，手术切除病变导管送检即可，待病理回报。
2、对临床体检摸不到肿块的患者术前必须对病灶定位，术前靠乳管镜定位可在皮肤上进行标记，必要时还可在乳管镜检查时置“金属定位线”，为术中引导手术切除病灶。
3、对于良性乳头状瘤，在超声引导下使用空心针14G以上的真空辅助活检系统进行切除，可完整切除小的导管内乳头状瘤，从而避免开放手术。
4、伴有血性溢液的导管内乳头状瘤均建议行手术治疗，可使用乳管镜术中定位或直接切除导管内乳头状瘤。
5、所有诊断为导管内乳头状瘤的病变，尤其是外周型乳管内乳头状瘤，均可常规行包括病变乳导管在内的区段切除术。
二、其他治疗
1、对于经粗针活检证实为乳头状瘤、不伴有恶性及不典型性病变，以及影像学与组织学诊断相符、直径小于2mm者，可采用影像学随访来替代外科手术，建议每三个月复查一次。
2、术后患者要及时在专业康复师指导下进行康复锻炼。