根据卵圆孔未闭的大小，可分为大卵圆孔未闭为≥4.0mm、中卵圆孔未闭为2.0~3.9mm、小卵圆孔未闭为<2.0mm。根据卵圆孔未闭的解剖和房间隔形态特征不同，可分为简单卵圆孔未闭和复杂卵圆孔未闭，具体如下：
1、简单卵圆孔未闭：管道长度短（<8mm）、无房间隔膨出瘤或者明显的腔静脉瓣、无肥厚的继发隔及不合并其他卵圆窝缺损。
2、复杂卵圆孔未闭：
（1）卵圆孔未闭合并房间隔膨出瘤：房间隔膨出瘤由干房间隔发育薄弱，在心脏负荷因素的影响下形成的气球样瘤样膨出。
（2）长管型的卵圆孔未闭：原发隔和继发隔重叠长度≥8mm为长管型的卵圆孔未闭。
（3）房间隔脂肪瘤样肥厚：是房间隔中未沉积的脂肪细胞的良性增生，房间隔肥厚的厚度一般在6~14mm，但是在此类患者其厚度≥15mm。
（4）希阿里氏网和欧式瓣：希阿里氏网是在胚胎发育过程中下腔静脉和冠状窦瓣吸收不完全而残存于右心房内的先天性残留组织结构，常呈窗膜状或条索状随右心房的舒缩而飘动。下腔静脉口的前缘有胚胎期残留下来的薄半月形瓣膜称欧式瓣。其过长且合并卵圆孔未闭时，可引起右向左分流，可能会对介入治疗带来一定的困难。
（5）杂交型缺损：在卵圆孔未闭中，有5%的合并小房间隔缺损，瘤样原发隔可以与继发隔不完全融合、可有一个或多个孔。