慢性直肠炎多由于急性直肠炎迁延不愈引起，可由于炎症性肠炎、结核病等继发感染导致，也可以由于放射治疗导致。本病好发于炎症性肠病的患者、结直肠肿瘤患者、肺结核患者，可由服用抗生素、饮食因素诱发。
一、主要病因
1、放射治疗：放射治疗癌症时，容易引起直肠放射性损伤。其发生与照射野、放射剂量、照射部位、是否同步化疗、化疗药物种类及患者是否存在高危因素等相关。放射线对肠道上皮细胞会造成损伤，导致肠道的吸收及分泌功能紊乱，肠道蠕动加强，上皮的通透性增加，同时容易合并炎症，引起腹泻；而放疗引起血管损害，容易导致内皮细胞肿胀、渗透性增加及血栓形成；还会导致肠道菌群失调；由于多种炎症因子的参与，促进炎症的因子和抑制炎症的因子两者平衡被打破，逐渐导致慢性纤维化。
2、炎症性肠病：该疾病的发生和患者自身肠道正常菌群异常免疫反应有关，导致了直肠黏膜高通透性，黏膜的屏障功能减弱，长期的溃疡性结肠炎会让患者结肠癌的发病率增加，并可侵及直肠，从而引起溃疡性直肠炎。
3、结核疾病：肺部结核病灶若继发感染，容易导致结核性直肠炎，常可见结核杆菌感染。
二、诱发因素
1、服用抗生素：容易杀死肠道内有益细菌，有助于有害细菌滋长，肠道菌群失衡导致慢性直肠炎。
2、饮食因素：食用不干净的食物容易引发肠道感染，常见志贺氏菌、沙门氏菌等。