盘尾丝虫病的治疗以具有杀虫作用的药物为主，头部出现结节时多采用淋巴结切除术以减少眼部疾病的发生，通常短期治疗即可。
一、药物治疗
1、乙胺嗪：对成虫有杀灭作用，初次治疗常因杀死大量微丝蚴而引起严重的不良反应，因此感染严重的患者服用乙胺嗪应从小剂量开始，并同时服用糖皮质激素。
2、伊维菌素：作为常选药物，可以迅速有效地杀死微丝蚴且孕妇亦可得到治疗。伊维菌素推荐单剂量口服，用水送服。常见瘙痒、荨麻疹、头晕等不良反应。在流行区全民每年服药1~2次，可有效地控制盘尾丝虫病的流行。
3、苏拉明：对成虫有条灭作用，对微丝蚴也有一定作用，但毒性较强。有肝肾疾病、年老、体弱者及孕妇不宜使用。除少数病例一般不考虑使用。
4、阿莫卡嗪：对盘尾丝虫成虫和微丝蚴均有杀灭作用，不良反应较少。
二、手术治疗
手术切除皮下组织结节：定期摘除皮肤结节可显著降低眼部损伤的发生几率，但对于全身皮下组织分布有大量结节者，手术较难进行，一次全部切除较困难，一般采取分期切除的方法防止失明。