睡醒头痛的原因有以下几种：
一、睡姿不当，对于有颈椎病、颈椎骨质增生、颈肩部软组织损害、颈椎曲度改变的患者来说，由于睡姿不当导致颈肩部肌肉痉挛、挛缩、压迫、牵扯颈神经而出现睡醒头痛的症状。
二、具有高脂血症患者或血小板增多症患者睡觉时，由于睡眠时血管扩张、血流缓慢、血氧含量下降，大脑供血、供氧受到不良影响，而出现睡醒头痛伴头晕的症状。
三、神经功能紊乱，由于睡眠质量不好，导致睡醒以后出现头痛的症状。
四、观察患者是否存在急性脑血管疾病，例如急性的脑出血，出血量比较少，导致患者出现的头痛症状也不是十分严重，出现这种情况建议及时行头颅核磁共振检查。
五、如果患者患有睡眠呼吸暂停综合征，在睡醒后也会出现头痛的症状。