1、体格检查：配合光学仪器观察患者的眼部是否存在乳头、滤泡、水肿、结节、溃疡等病变。
2、结膜刮片：革兰染色和瑞氏-姬姆萨染色，初步确定病原菌种类和结膜炎症反应特点，如果以中性粒细胞的浸润为主，常提示细菌或衣原体感染；如单核细胞增多或出现多核巨细胞，可能是病毒性感染；如上皮细胞胞浆内有包涵体，并有淋巴细胞、浆细胞，则提示衣原体感染。
3、结膜涂片：采集结膜囊分泌物进行细菌培养，有助于病原学的诊断和指导治疗，如考虑是衣原体或病毒感染，可做实验室病原体分离或应用PCR技术帮助诊断。
4、病原体抗原检查和血清抗体检查：前者能够检测单纯疱疹病毒以及衣原体，后者可具体诊断病毒性结膜炎。
5、结膜活检：久治不愈或反复发作的结膜炎患者应检查明确是否存在肿瘤性疾病。
6、血液检查：通过血液检查可以确定患者是否存在白细胞、血细胞、中性粒细胞升高等现象，可明确患者是否继发全身性疾病。
7、腺病毒抗原快速检测：通过检查可以确定患者是否存在病毒性结膜炎，同时也可以更好的避免抗生素滥用的现象发生。