小儿情绪障碍需长期治疗，可使用五羟色胺再摄取抑制剂、三环类抗抑郁药、苯二氮卓类等药物治疗。物理治疗包括微量生物电脑导入刺激治疗和重复经颅磁刺激。心理治疗多选择游戏治疗，绘画治疗等。中医治疗可采用捏脊配合针四缝治疗，对症状改善，病情控制有显著疗效。
一、药物治疗
药物治疗包括选择性的五羟色胺再摄取抑制剂、三环类抗抑郁药、苯二氮卓类、β-肾上腺素能受体阻滞剂，还有碳酸锂等一些抗精神病药。目前临床上比较常用的是舍曲林、氟西汀、氟伏沙明、文拉法辛等。其中最常用的是舍曲林，在随机、双盲、对照研究中发现，该药物对儿童情绪障碍的疗效和安全性较好。这几种药中，只有氟伏沙明、舍曲林的药品说明书中明确说明可用于儿童，其余药品说明书中注明对儿童慎用或不建议使用。因此对于需要药物治疗的情绪障碍儿童，用药之前需交代药物说明书上的相关注意事项，以及可能出现的副作用，征得家长知情同意后才可用药。
二、手术治疗
此病无手术治疗。
三、物理治疗
物理治疗临床上应用较多的是微量生物电脑导入刺激治疗和重复经颅磁刺激。微量生物电脑导入刺激治疗是直接向脑内导入与脑电相似的微生物电，调整异常脑电波，刺激机体产生内源性的脑啡呔，以控制焦虑、抑郁等情绪状态。研究表明微量生物电脑导入刺激治疗是一种安全、快速、有效的治疗情绪障碍的技术，能克服传统的心理治疗时间长和药物治疗的副作用等缺点。
四、心理治疗
1、改变家庭的互动模式和整体氛围，采用积极的教养方式，帮助患儿养成坚强、独立的个性，更好地适应环境。
2、年幼儿童受语言表达和沟通技巧的限制，认知能力与成人相比不足，心理治疗多选择游戏治疗，绘画治疗等。
3、年龄稍长者可灵活选用家庭治疗、认知行为等治疗，这些方法有效地降低情绪障碍患儿的焦虑和抑郁水平，改变其认知模式，并可以改善亲子关系、厌学情绪。
五、中医治疗
中医和植物药治疗：中医认为儿童脏腑娇嫩，气血不足，一方面影响其消化功能，另一方面又表现为体力旺盛且情绪不稳定、喜怒无常，因而易发生情绪障碍。采用捏脊配合针四缝治疗儿童情绪障碍，对症状改善，病情控制有显著疗效。