脂肪肝会导致转氨酶的升高，脂肪肝患者肝功可以正常，随着脂肪肝程度的加重可以出现肝功能损伤，表现为谷丙转氨酶的升高为主，碱性磷酸酶和转肽酶也会轻度升高。如果是酒精性脂肪肝，以谷草转氨酶升高为主，谷草转氨酶与谷丙转氨酶的比值>2，碱性磷酸酶和转肽酶明显升高。
脂肪肝转氨酶升高可以应用保肝药物，改善脂质代谢，保护肝细胞膜，如应用甘乐片、水飞蓟素、多烯磷脂酰胆碱等。脂肪肝的治疗要去除病因，如饮酒引起的脂肪肝要注意戒酒，药物引起的脂肪肝要停用可疑药物，糖尿病引起的要控制血糖，高脂血症需要降脂治疗。如果转氨酶升高时不能应用降脂药物，因为降脂药物也会有一定的肝损伤，其它要平衡膳食，适当运动锻炼，不要过于剧烈，尤其是转氨酶升高时，运动要循序渐进、持之以恒。