如果是肺炎支原体引起的轻中度肺炎，而且患者免疫功能状态完全正常，不治疗完全可以自愈。如果是引起的重度肺炎，不治疗很难自愈。
此外，如果患者本身是免疫功能状态低下，比如有严重的基础疾病、婴幼儿，老年人或者长期应用免疫抑制剂，有血液系统的疾病、有恶性肿瘤，这种情况下即使引起轻中度肺炎，不治疗也很难自愈。此外生殖道支原体、人型支原体，还有解脲支原体引起的泌尿生殖道感染，无论男性还是女性，不治疗常常会引起复发。对于生殖道的支原体感染，主张针对支原体用药，而且疗程应该适当延长。如果疗程不够，过早停药也会引起复发，所以主张应用2-3周的时间。