巧克力囊肿如果是直径>5cm，有手术指征就需要做手术。一般选择微创的手术腹腔镜，把卵巢的巧克力囊肿剥除，术后还要给予长期的规范化管理，否则巧克力囊肿很容易就复发。当巧克力囊肿很小的时候，直径<5cm，甚至是2-3cm的时候，不需要手术，这时候建议患者积极怀孕。首先怀孕对巧克力囊肿也是治疗的过程，因为10个月都不来月经、不排卵，子宫内膜内有可能会萎缩掉。
巧克力囊肿又叫子宫内膜异位囊肿，它的发病原理是由于宫腔里的子宫内膜异位到卵巢上，宫腔里的内膜每个月来月经的时候会脱落，会出现阴道出血。异位到卵巢上的子宫内膜也会发生脱落出血，但是它这个血因为出不去，在盆腔里、卵巢上逐渐形成血包，血包时间长了，含铁血红素就会增多，会出现巧克力样颜色，叫做巧克力囊肿。