1、生长激素分泌功能测定：生长激素呈脉冲性分泌并受多种因素影响，因此单次测定不能作为诊断依据。
2、运动试验：空腹4小时，激烈运动20分钟，使心率>120次/min。运动前、运动20分后分别采血测生长激素，生长激素峰值>10μg/L，可排除生长激素缺乏。运动量不足可出现假阳性结果，此类方法多作为初筛检查，生长激素峰值<10μg/L需做药物激发试验。
3、生长激素激发试验：各种药物激发反应途径不同，敏感性和特异性也有差异，故常用2种作用不同的药物进行激发试验以助结果判断。激发试验前需禁食8h小时以上。一般认为2种试验生长激素峰值均<5μg/L，为完全性生长激素缺乏症；生长激素峰值在5.1~9.9μg/L为部分性生长激素缺乏；生长激素峰值≥10μg/L为正常反应。
4、染色体检查：对女性矮小伴青春期发育延迟者应常规作染色体检查，以排除染色体病，如Turner综合征等。
5、骨龄评定：手和腕部X线摄片，评定骨龄是了解患儿骨骼成熟程度，预测生长潜力的一个较为可靠的手段。
6、颅脑磁共振显像：MRI可显示蝶鞍容积大小，垂体前、后叶大小，可诊断垂体不发育，发育不良，空蝶鞍、视中隔发育不全等，并且可发现颅咽管瘤、神经纤维瘤、错构瘤等占位性病变。
其他
根据临床表现可选选择性检测TSH、T3、T4、PRL、ACTH、皮质醇、LHRH激发试验等，以判断有无甲状腺、性腺激素缺乏等。
7、血24小时GH分泌谱测定：正常人GH峰值与基值差别很大，24小时的GH分泌量可以比较准确地反映体内GH分泌情况尤其是对GHND患儿，其GH分泌功能在药物刺激试验可为正常，但其24小时分泌量则不足，夜晚睡眠时的GH峰值亦低。但该方法繁琐，采血次数多，不易为患者接受。
8、胰岛素样生长因子和IGFBP-3的测定：胰岛素样生长因子主要以蛋白结合的形式(IGFBPs)存在于血液循环中，其中以IGFBP-3为主(95%以上)。IGFBP-3有运送和调节胰岛素样生长因子的功能，其合成也受GH-IGF轴的调控，因此胰岛素样生长因子和IGFB-3都是检测GH-IGF轴功能的指标。两者分泌模式与GH不同，呈非脉冲式分泌，较少日夜波动，血液循环中的水平比较稳定。血清胰岛素样生长因子出生时的水平非常低，随后在儿童期缓慢升高，在青春发育期升高显著，以后随着年龄的增长而有所减少。青春期女孩出现高峰的时间约早于男孩2年。IGFBP-3的水平变动与其相似，但变化较小。目前认为胰岛素样生长因子、IG-FBP-3可作为5岁至青春发育期前儿童生长激素缺乏症筛查指标，但该指标有一定的局限性。正常人胰岛素样生长因子和IGFBP-3水平受各种各样的因素影响，如性别、年龄、营养状态、性发育程度和甲状腺功能等，故必须建立不同性别和年龄组儿童的正常参考值范围。另外胰岛素样生长因子测定还可监测GH治疗后的反应，并具有一定的鉴别诊断意义。如矮小儿童GH激发试验中GH峰值正常，而胰岛素样生长因子低下，但在注射外源性GH后，胰岛素样生长因子升高，生长速率加快，提示患儿GH分子有变异；如IGF1不升高，生长不加速，则提示可能系生长激素受体缺陷。
9、基因检测：随着二代测序及全基因组外显子测序等技术的临床应用，基因检测在矮身材的诊断过程中的作用日益重要。可进行与腺垂体发育缺陷相关的基因(HESX1、LHX3、LHX4、PROP1、POUIF1）和与GH-胰岛素样生长因子轴缺陷相关的基因(GHI、GHR、IGFI、IGFR、STAT5b、IGF-ALS）分析。