慢性扁桃体炎多是由急性扁桃体炎反复发作，或因扁桃体隐窝引流不畅，窝内细菌病毒滋生感染而演变为慢性扁桃体炎，临床上尝尝伴有咽痛以及咽内发干、发痒、异物感、刺激性咳嗽等轻微症状。若扁桃体隐窝内潴留干酪样腐败物以及大量的厌氧杆菌感染，极易出现口臭。如果是小儿出现扁桃体过度肥大，可能会出现呼吸不畅、睡眠时打鼾、吞咽以及言语共鸣的障碍。隐窝内的浓酸被咽下也可能会引起全身反应，导致消化不良、乏力、低热等。