龟头部位起小水泡，如果伴有疼痛、不适的表现，临床上表现出红斑上出现的簇状、密集的水泡，最有可能就是2型单纯疱疹病毒感染之后所引起的生殖器疱疹。生殖器疱疹属于性传播疾病的一种，治疗上可以口服抗病毒的药物，比如盐酸伐昔洛韦，局部外涂喷昔洛韦乳膏进行抗病毒治疗。使用药物可以明显缩短病程，减轻患者疼痛不适的自觉症状。
该疾病一旦确诊，很难彻底根治，也只能选择对症治疗。因为一旦免疫力降低后，潜藏在脊神经根内的生殖器疱疹病毒就会再次激活，从而导致疾病的复发。还有可能是因为过度摩擦导致局部的暴力损伤，因为男性在手淫或者是性生活的过程中会频繁的摩擦阴茎，不小心损伤到阴茎皮下，有可能会出现组织液渗出，出现长小水泡的情况，通常伴有剧烈的疼痛。