咳嗽发烧的用药治疗要根据引起呼吸道感染的致病菌来消炎抗感染治疗，如果是细菌感染导致的上呼吸道感染，临床上一般使用霉素类的药物或者第3代头孢菌素类的药物来治疗，如果是支原体感染导致的咳嗽发烧，临床上一般使用大环内酯类的药物或者喹诺酮类的药物来治疗，也可以在医生的指导下选择使用四环素类的药物，在针对致病菌治疗的同时，还可以使用止咳化痰的药物来减轻咳嗽症状，如果发烧超过39度，必要时可以使用布洛芬来退烧治疗。