阴茎上面长水泡初步考虑有生殖器疱疹的可能，生殖器疱疹指单纯疱疹病毒侵犯生殖器官的皮肤和黏膜引起来的一种疾病，容易复发。一般治疗主要是抗病毒治疗，抗病毒药药物对大多数有症状的生殖器疱疹患者都有效，是目前主流的治疗。全身给予抗病毒药物可以部分控制疱疹发作的症状和体征，但是不能根除潜伏的病毒。停药后也不能降低复发危险的频度和严重程度，局部使用抗病毒药物疗效有限，不建议使用。
生殖器疱疹一般多发于龟头、冠状沟、尿道，以及阴茎体皮肤水泡成簇集样。典型表现为水泡、脓疱、溃疡及尿道炎，但也可以表现为生殖器部位的裂隙、裂纹。非特异性红斑硬结和细小的线状溃疡等不典型损害，在复发患者中复发的诱因多为疲劳。