甲状腺功能减退症的症状与累及器官的多少有一定关系，甲状腺激素水平过低，产生症状较多累及的脏器也多。发生甲减时最常出现的是记忆力减退、嗜睡、关节疼痛，以及体重增加、黏液性水肿。当病情比较严重时累及到心脏时，可以发生心音低钝、心率慢、心包积液。有些患者还可以出现月经紊乱，以月经量增多为其表现。
很多甲减患者是以不孕不育症为首发症状来医院就诊，检查甲状腺激素，发现甲状腺激素水平下降，而调节甲状腺激素的促甲状腺激素水平升高，这时应该给予左甲状腺激素替代治疗。经过认真的替代治疗，甲状腺激素水平恢复至正常，上述症状逐一消失，但是绝大多数甲减患者是需要终身服药的。