嗜酸性脓疱性毛囊炎易复发，目前主要治疗方法为药物治疗，如口服或外用糖皮质激素，系统用吲哚美辛，外用他克莫司、米诺环素等，治疗周期一般为1～6个月，停药后还需随访6个月，年长者随访时间更长。
一、药物治疗
1、糖皮质激素：外用糖皮质激素制剂是各型嗜酸性脓疱性毛囊炎治疗的首选，低效和中效糖皮质激素适用于儿童，而成人可选用0.1%糠酸莫米松和0.05%卤美他松。
2、吲哚美辛：该药应用后在短期内即可达到良好的效果，故也常被推荐为第一线的治疗药物。
3、外用他克莫司：近年来报道早期外用0.1%他克莫司软膏治疗本病起效快，且不良反应小，故对本病，尤其对儿童和面部皮损可优先选用。
4、其他药物：如环孢素、米诺环素、多西环素、氨苯砜等。
二、手术治疗
该疾病目前无需手术治疗。
三、物理治疗
如果以上方法均无效，可以尝试物理疗法。如PUVA即口服补骨脂素后进行长波紫外线(UVA)照射，UVA可以穿透至真皮，抑制炎症细胞和增生的血管内皮细胞，还可以对免疫系统有一定影响。已有文献报道PUVA、UVB光疗法联合药物治疗有一定效果。