哺乳期的妇女如果患有急性肠炎，使用药物要非常谨慎，药物不能通过乳汁代谢，尽量的减少对婴儿造成胃肠道的影响，所以一般建议使用的药物有对症治疗效果的蒙脱石散，还有益生菌类的药物，如整肠生胶囊等。
针对急性肠炎引起的恶心、呕吐、腹泻及酸碱平衡紊乱，建议口服补液。
如果以上的方法不能缓解，可以使用抗生素类的药物，尽量避免使用可通过乳汁代谢的药物或者毒性大的药物，可以口服头孢类的抗生素或者肠炎宁之类的抗生素。如果怕对孩子造成影响，可以在服药期间暂停哺乳。