多发性肠息肉首先应该明确息肉的病理类型，息肉按其病理可分为肿瘤性息肉以及非肿瘤性息肉。其中肿瘤性息肉分为绒毛状腺瘤、管状腺瘤和绒毛状管状混合性腺瘤。
肿瘤性息肉大多会发生癌变，只不过是时间问题，所以如果多发性肿瘤性息肉应该在内镜下行切除术。而非肿瘤性息肉，包括炎性息肉和增生性息肉，非肿瘤性息肉大多不会恶变，以治疗原发疾病为主，比如炎性息肉，以控制肠道炎症治疗为主，当肠道炎症控制以后，息肉自然会消失。
另外还有家族性腺瘤病或者PJ综合征都会导致多发性息肉，所以患者出现多发性息肉时，应该以病理结果为准，明确息肉的类型后再采取对应的治疗。