如果是普通的结肠炎及由于进食不恰当食物，或者是饮酒过多所导致的，一般选用头孢类抗生素，例如头孢氨苄、头孢拉定，还有喹诺酮药物，例如左氧氟沙星等进行治疗，同时还可以口服调节肠道菌群药物，例如贝飞达、思连康等药物，一般疼痛可逐渐好转，腹泻腹胀的程度也可逐渐减轻。
但是如果患者是由于溃疡性结肠炎所导致的，这可能就需要使用硫氮磺吡啶、美沙拉嗪、巴柳氮等氨基水杨酸类药物，还有可能会使用肾上腺皮质激素类药物，例如泼尼松、氢化可的松、地塞米松等药物。
必要时还需要使用抑制免疫制剂，内如环孢素A、甲氨蝶呤等药物。因为病情的轻重和类型不一样，所使用药物就不一样，所以如果有结肠炎，需要及时去医院就诊，并在医生的指导下使用药物，不要自行用药。