先天性眼睑缺损患者治疗一般选择手术治疗，同时可以使用抗生素类的滴眼液预防感染。治疗周期较为一周左右。
一、一般治疗
1、由于患儿眼睑缺失而导致眼球暴露，在手术之前采用抗生素眼膏保护暴露的角膜。
2、患儿是由于先天性眼睑缺损，导致眼干、视物模糊，所以才用人工泪液缓解眼干。
3、部分患儿可继发感染，采取抗生素滴眼液等对症治疗。
二、药物治疗
1、氯霉素滴眼液：由于先天性眼睑缺损导致眼球暴露，易引发感染，用氯霉素滴眼液来防治眼睛的感染。
2、人工泪液：一般可以缓解眼睑缺失导致的眼球干涩的症状。
三、手术治疗
移植复位手术，手术治疗的时机取决于缺失的面积及角膜暴露的程度。对于较小的缺失且角膜无暴露者，因为在3~4岁时能提供更多的可供改建的眼睑组织，故而推荐3~4岁时行外科矫正术；而对于缺失面积大于1/3睑缘长度者，考虑到其对视力的发育及以后的生活、美容都有很大的影响,早期的外科矫正是必须的。手术的第一步是测量缺失面积，包括垂直、水平长度，然后是选择恰当的手术方式。
四、其他治疗
先天性眼睑缺损患者手术后常有疤痕，所以可以再行激光美容祛疤术等保持美观。